Doğal Tarih Müzesi yenilenmek için kapatılır. Müze içindeki eserler ise meşhur Washington müzesinde devlet tarafından koruma altına alınır. 136 milyon eser ve koleksiyonlar dünyanın en büyük müzesi olan Smithsonian kurumunda sergileniyor. Filme bu sefer yeni kahramanlar yani yeni eserler ekleniyor, ve bunlardan biri de tek başına Atlantik'i geçen efsanevi kadın pilot Amelia Earhart(Amy Adams).
