Birlikte çalıştıkları projede başarısız olunca, diğer ajan arkadaşları Ajan Jason Bourne'u ölüme terk ederler. İtalya açıklarında balıkçılar tarafından bulunan Bourne, geçmişine dair hiçbir şey hatırlamamaktadır. Balıkçıların yardımıyla ölümün eşiğinden dönen Bourne, eski gücünü kazandıkça sıradan biri olmadığını fark etmeye başlar. Dövüş sporlarındaki becerisi, birçok dil konuşabilmesi ve gözlem yeteneği, onun pek de tekin olmayan bir geçmişi olduğunun sinyallerini vermektedir. İtalyan balıkçılar tarafından bulunduğunda, Bourne'un vücudunda geçmişine dair iki iz vardır: sırtındaki kurşunlar ve derisinin altına yerleştirilmiş bir kapsülde yazılı olan İsveç'teki bir bankaya ait hesap numarası. Gücünü toplayan Bourne, Zürih'e bu hesap numarasının gizini bulmaya gittiğinde karşısına bir emniyet kasası içine gizlenmiş, geçmişine dair ipuçları çıkacaktır: Bir otomatik silah, yüklü miktarda para, çeşit çeşit pasaport ve Paris adresli bir isim ('Jason Bourne'). Burada Marie isimli bir çingeneyle tanışan Bourne, onunla kendisini Paris'e götürmesi için anlaşır. Bu sırada, Bourne'un hâlâ hayatta olduğunu öğrenen CIA merkezi, onu ortadan kaldırması için bir grup ajanı görevlendirir. Geçmişinin peşinden giden Bourne, kendini amansız bir takibin içinde bulacaktır.